در دوران خانهنشینی (دو سال آخر زندگی) فرصت یافت تا بیشتر به فرزندانش برسد. در اواخر، بر شرکت فرزندانش در جلسات تاکید میکرد. بر روی فراگیری زبان خارجی اصرار زیادی میورزید. در سال۵۵، با هم فکری دوستانش قرار شد، فرزند بزرگش، احسان، را برای ادامه تحصیل به اروپا بفرستد. بعد از رفتن فرزندش، خود نیز بر آن شد که نزد او برود و در آنجا به فعالیتها ادامه دهد. راههای زیادی برای خروج دکتر از مرزها وجود داشت. تدریس در دانشگاه الجزایر، خروج مخفی و گذرنامه با اسم مستعار و …
بعد از مدتی با کوشش فراوان، همسرش با ضمانت نامه توانست پاسپورت را بگیرد. در شناسنامه اسم دکتر، علی مزینانی بود، در حالی که تمام مدارک موجود در ساواک به نام علی شریعتی یا علی شریعتی مزینانی ثبت شده بود. چند روز بعد برای بلژیک بلیط گرفت. چون کشوری بود که نیاز به ویزا نداشت. از خانواده خداحافظی کرد و قرار به ملاقت دوباره آنها در لندن شد. در روز حرکت بسیار نگران بود. سر را به زیر میانداخت تا کسی او را نشناسد. اگر کسی او را میشناخت، مانع خروج او میشدند. و به هر ترتیبی بود از کشور خارج شد. دکتر نامهای به احسان از بلژیک نوشت و برنامه سفرش را به او در اطلاع داد و خواست پیرامون اخذ ویزا ازامریکا تحقیق کند.
ساواک در تهران از طریق نامهیی که دکتر برای پدرش فرستاده بود، متوجه خروج او از کشور شده بود و دنبال رد او بود. دکتر بعد از مدتی به لندن، نزد یکی از اقوام همسرش رفت و در خانه او اقامت کرد. بدین ترتیب کسی از اقامت دوهفتهیی او در لندن با خبر نشد. پس از یک هفته، دکتر تصمیم گرفت با ماشینی که خریده بود از طریق دریا به فرانسه برود. در فرانسه به دلیل جوابهای گنگ و نامفهوم دکتر، که می خواست محل اقامتش لو نرود، اداره مهاجرت به او مشکوک میشود. ولی به دلیل اصرارهای دکتر حرف او را مبنی بر اقامت در لندن در نزد یکی از اقوام قبول میکند. این خطر هم رد میشود. بعد از این ماجرا، دکتر در روز ۲۸ خرداد، متوجه میشود که از خروج همسرش و فرزند کوچکش در ایران جلوگیری شده. بسیار خسته و ناباورانه به فرودگاه لندن میرود و دو فرزند دیگرش، سوسن و سارا را به خانه میآورد. دکتر در آن شب اعتراف میکند که جلوگیری از خروج پوران و دخترش مونا میتواند او را به وطن بازگرداند، او می گوید که فصلی نو در زندگیش آغاز شده است. در آن شب، دکتر به گفته دخترانش بسیار ناآرام بود و عصبی … شب را همه در خانه میگذرانند و فردا صبح زمانی که نسرین، خواهر علی فکوهی، مهماندار دکتر، برای باز کردن در خانه به طبقه پایین میآید، با جسد به پشت افتاده دکتر در آستانه در اتاقش روبهرو میشود. بینیاش به نحوی غیر عادی سیاه شده بود و نبضش از کار افتاده بود. چند ساعت بعد، از سفارت با فکوهی تماس میگیرند و خواستار جسد میشوند، در حالی که هنوز هیچ کس از مرگ دکتر با خبر نشده بود.
پس از انتقال جسد به پزشکی قانونی، بدون انجام کالبد شکافی و علت مرگ را ظاهراً انسداد شرائین و نرسیدن خون به قلب اعلام کردند. و بالاخره در کنار مزار حضرت زینب آرام گرفت!…
از بدو تاسیس حسینیه ارشاد در تهران، از شخصیتهایی چون آیتلله مطهری دعوت میشد تا با آنان همکاری کنند. بعد از مدتی از طریق استاد شریعتی (پدر دکتر) که با ارشاد همکاری داشت، از دکتر دعوت شد تا با آنان همکاری داشته باشد. در سالهای اول همکاری دکتر با ارشاد، به علت اشتغال در دانشکده ادبیات مشهد، ایراد سخنرانیهای او مشروط به اجازه دانشکده بود، برای همین بیشتر سخنرانیها در شبجمعه انجام میشد، تا دکتر بتواند روز شنبه سر کلاس درس حاضر باشد. پس از چندی همفکر نبودن دکتر و بعضی از مبلغین، باعث بروز اختلافات جدی میان مبلغین و مسئولین ارشاد شد. در اوائل سال ۴۸، این اختلافات علنی شد و از هیئت امنا خواسته شد که دکتر دیگر در ارشاد سخنرانی نکند. اما بعد از تشکیل جلسات و و نشستهایی، دکتر باز هم در حسینیه سخنرانی کرد. هدف دکتر از همکاری با ارشاد، تلاش برای پیش برد اهداف اسلامی بود. سخنرانیهای او، خود گواهی آشکار بر این نکته است. در سخنرانیها، مدیریت سیاسی کشور به شیوهای سمبلیک مورد تردید قرار میگرفت. در اواخر سال ۴۸، حسینیه ارشاد، کاروان حجی به مکه اعزام میکند تا در پوشش اعزام این کاروان به مکه، با دانشجویان مبارز مقیم در اروپا، ارتباط برقرار کنند.
دکتر با وجود ممنوعالخروج بودن، با تلاشهای بسیار، با کاروان همراه می شود. تا سال ۵۰دکتر همراه با کاروان حسینیه، سه سفر به مکه رفت که نتیجه آن مجموعه سخنرانیهای میعاد با ابراهیم و مجموعه سخنرانیها تحت عنوان حج در مکه بود، که بعدها به عنوان کتابی مستقل منتشر شد. پس از بازگشت از آخرین سفر در راه برگشت به مصر رفت، که این سفر رهآورد زیادی داشت، از جمله کتاب آری این چنین بود برادر.
در سالهای ۴۹-۵۰، دکتر بسیار پر کار بود. او میکوشید، ارشاد را از یک موسسه مذهبی به یک دانشگاه تبدیل کند. از سال ۵۰، شب و روزش را وقف این کار میکند، در حالی که در این ایام در وزارت علوم هم مشغول بود. به مرور زمان، حضور دکتر در ارشاد، باعث رفتن برخی از اعضا شد، که باعث به وجود آمدن جوی یکدستتر و همفکرتر شد. با رفتن این افراد، پیشنهادهای جدید دکتر، قابل اجرا شد. دانشجویان دختر و پسر، مذهبی و غیر مذهبی و از هر تیپی در کلاسهای دکتر شرکت میکردند. در ارشاد، کمیتهیی مسئول ساماندهی جلسات و سخنرانیها شد. به دکتر امکان داده شد که به کمیتههای نقاشی و تحقیقات نیز بپردازد. انتقادات پیرامون مقالات دکتر و استفاده از متون اهل تسنن در تدوین تاریخ اسلام و همچنین حضور زنان در جلسات، گذاشتن جلسات درسی برای دانشجویان دختر و مبلمان سالن و از این قبیل مسائل بود. این انتقادات از سویی و تهدیدهای ساواک از سوی دیگر هر روز او را بیحوصله تر میکرد و رنجش میداد. دیگر حوصله معاشرت با کسی را نداشت. در این زمان به غیر از درگیریهای فکری، درگیریهای شغلی هم داشت. عملاً حکم تدریس او در دانشکده لغو شده بود و او کارمند وزارت علوم محسوب میشد. وزارت علوم هم، یک کار مشخص تحقیقاتی به او داده بود تا در خانه انجام دهد. از اواخر سال۵۰ تا۵۱، کار ارشاد سرعت غریبی پیدا کرده بود. دکتر در این دوران به فعال شدن بخشهای هنری حساسیت خاصی نشان میداد. دانشجویان هنر دوست را تشویق میکرد تا نمایشنامه ابوذر را که در دانشکده مشهد اجرا شده بود، بار دیگر اجرا کنند. بالاخره نمایش ابوذر در سال ۵۱، درست یکی دوماه قبل از تعطیلی حسینیه، در زیر زمین ارشاد برگزار شد. این نمایش باعث ترس ساواک شد، تا حدی که در زمان اجرای نمایش بعد به نام «سربداران» در ارشاد، حسینیه برای همیشه بسته و تعطیل شد، درست در تاریخ ۱۹/۸/۵۱.
بعد از این ساعتها روی رسالهاش کار میکرد. دامنه مطالعاتش بسیار گسترده بود. در واقع مطالعاتش گستردهتر از سطح دکترایش بود. ولی کارهای تحقیقاتی رسالهاش کار جنبی برایش محسوب می شد. درسها و تحقیقات اصلی دکتر، بیشتر در دو مرکز علمی انجام می شد. یکی در کلژدوفرانس در زمینه جامعه شناسی و دیگر در مرکز تتبعات عالی در زمینه جامعه شناسی مذهبی.
دکتر در اروپا، به جمع جوانان نهضت آزادی پیوست و در فعالیتهای سازمانهای دانشجویی ایران در اروپا شرکت میکرد. در سالهای ۴۰-۴۱ در کنگرهها حضور فعال داشت. دکتر در این دوران در روزنامههای ایران آزاد، اندیشه جبهه در امریکا و نامهء پارسی حضور فعال داشت. ولی به تدریج با پیشه گرفتن سیاست صبر و انتظار از سوی رهبران جبهه، انتقادات دکتر از آنها شدت یافت و از آنان قطع امید کرد و از روزنامه استعفا داد. در سال ۴۱، دکتر با خواندن کتاب «دوزخیان روی زمین»، نوشته فرانس فانون با اندیشه های ایننویسنده انقلابی آشنا شد و در چند سخنرانی برای دانشجویان از مقدمه آن که به قلم ژانپل سارتر بود، استفاده کرد.
دکتر در سال (۱۹۶۳) از رساله خود در دانشگاه دفاع کرد و با درجه دکترای تاریخ فارقالتحصیل شد. از این به بعد با دانشجویان در چای خانه دیدار میکرد و با آنان در مورد مسائل بحث و گفتگو میکرد. معمولا جلسات سیاسی هم در این محلها برگزار میشد. سال ۴۳ بعد از اتمام تحصیلات و قطع شدن منبع مالی از سوی دولت، دکتر علیرغم خواسته درونی و پیشنهادات دوستان از راه زمینی به ایران برگشت. وی با دانستن اوضاع سیاسی – فرهنگی ایران بعد از سال ۴۰ که به کسی چون او – با آن سابقه سیاسی – امکان تدریس در دانشگاهها را نخواهند داد و نیز علیرغم اصرار دوستان هم فکرش مبنی بر تمدید اقامت در فرانسه یا آمریکا، برای تداوم جریان مبارزه در خارج از کشور، تصمیم گرفت که به ایران بازگردد. این بازگشت برای او، عمدتاً جهت کسب شناخت عینی از متن و اعماق جامعهء ایران و تودههای مردم بود، همچنین استخراج و تصفیه منابع فرهنگی، جهت تجدید ساختمان مذهب.
فرانسه در آن سالها کشور پرآشوبی بود. بحران الجزائر از سالها قبل آغاز شده بود. دولت خواهان تسلط بر الجزائر بود و روشنفکران خواهان پایان بخشیدن به آن. این بحران به دیگر کشورها نیز نفوذ کرده بود.
دکتر در سال ۱۳۱۹ -در سن هفت سالگی- در دبستان ابنیمین در مشهد، ثبت نام کرد اما به دلیل اوضاع سیاسی و تبعید رضاخان و اشغال کشور توسط متفقین، استاد (پدر دکتر)، خانواده را بار دیگر به کاهک فرستاد. دکتر پس از برقراری صلح نسبی در مشهد به ابنیمین برمیگردد. در اواخر دوره دبستان و اوائل دوره دبیرستان رفت و آمد او و خانواده به ده به دلیل مشغولیتهای استاد کم میشود. در این دوران تمام سرگرمی دکتر مطالعه و گذراندن اوقات خود در کتاب خانه پدر بود. دکتر در ۱۶ سالگی سیکل اول دبیرستان (کلاس نهم نظام قدیم) را به پایان رساند و وارد دانش سرای مقدماتی شد. او قصد داشت تحصیلاتش را ادامه دهد.
در سال ۳۱، اولین بازداشت او رخ داد و این اولین رویارویی او و نظام حکومتی بود. این بازداشت طولانی نبود ولی تاثیرات زیادی در زندگی آینده او گذاشت. در این زمان فصلی نو در زندگی او آغاز شد، فصلی که به تدریج از او روشنفکری مسئول و حساس نسبت به سرنوشت ملتش ساخت.